Por datos arqueológicos y antropológicos se ha ido estudiando el verdadero proceso de la ocupación del Cuzco. El consenso apunta a que, debido al colapso del reino de Tiahuanaco se produjo la migración de su pueblo.[cita requerida] Este grupo de cerca de 500 hombres se habría establecido paulatinamente en el valle del río Huatanay, proceso que culminaría con la fundación del Cuzco. Se desconoce la fecha aproximada, pero gracias a vestigios se acuerda que el emplazamiento donde se ubica la ciudad ya se encontraba habitada hace 3000 años. Sin embargo, considerando únicamente su emplazamiento como capital del Imperio incaico (mediados del siglo XIII) el Cuzco aparece como la ciudad habitada más antigua de toda América.
